Sekolah Menengah Pertama (SMP) Islam terpadu Masjid Syuhada Yogyakarta resmi berdiri pada tanggal 25 Maret 2004. SMP Masjid Syuhada Yogyakarta merupakan salah satu SMP swasta di Kota Yogyakarta. SMP IT Masjid Syuhada menyelenggarakan kegiatan pendidikan formal dengan kurikulum intergasi dengan kurikulum nasional dengan kurikulum pendidikan agama Islam.